부엌을 휘젓고 다니며 찔리고, 불에 구워지고, 감전되다가 결국 머리에 냉장고가 떨어지는 순간까지 열연을 하는 만화 주인공 로저 래빗. 로저는 풍만한 외모를 자랑하는 아내 제시카가 그 지역 공장 주인인 에크미와 자주 만난다는 사실로 괴로워하고, 스튜디오 사장인 마룬은 사립탐정 에디 발리안트(밥 홉킨스)를 고용해 제시카의 뒷조사를 의뢰한다. 에디는 제시카를 만나기 위해 만화 캐릭터들이 공연하고 있는 잉크와 페인트 클럽에 찾아간다. 허스키한 목소리와 고혹적인 눈웃음으로 관중을 사로잡는 제시카의 공연에 넋을 놓고 있던 에디는 노래를 끝내고 무대 뒤로 사라진 제시카를 미행한다. 제시카가 에크미와 함께 있는 사진을 찍은 에디는 그 사진을 로저에게 보여주고, 충격을 받은 로저는 밤거리를 헤매고 다닌다. 그런데 그날 저녁 에크미가 금고에 깔려 살해당한 채로 발견되고 로저는 제1의 용의자로 지목된다. 한편, 검은 옷과 해골이 달린 지팡이, 만화 캐릭터를 지워 없애는 용액을 가지고 다녀 캐릭터들 사이에서 악명이 높은 수사관 둠 판사. 그는 로저를 추적하여 용액으로 지워버리려고 한다. 아슬아슬하게 둠 판사의 추적망을 피해가던 로저는 죽은 에크미의 공장에서 마침내 둠 판사와 그의 일당을 마주하게 되는데...